La temporada dos introdujo nuevos personajes a la serie, que incluyen a los sobrevivientes de la sección de la cola del avión y a los otros habitantes de la isla. Más mitologías y penetraciones de la isla en la vida de los sobrevivientes se divulgan. La existencia de la Iniciativa DHARMA y de su benefactor, la Fundación Hanso, también se introducen. La verdad sobre "Los Otros" comienza a ser relevada. La segunda temporada ocurre en 23 días.

SINOPSIS: La escotilla que los personajes habían conseguido abrir al final de la primera temporada resulta ser una especie de búnker. Dentro hay una computadora en la que, de acuerdo al ocupante (Desmond) debe introducirse la serie de números "4, 8, 15, 16, 23 y 42" cada 108 minutos o el mundo se acabará. Los supervivientes debaten acerca de si deberían o no creer en lo que Desmond les dice. Gracias a un vídeo informativo que había en el búnker, aprenden que ese lugar es una de las estaciones de La Iniciativa DHARMA. Mientras tanto, Sawyer y Michael, cuya balsa había sido destruida al final de la primera temporada, regresan a la isla y allí se encuentran con más supervivientes del accidente de avión, que habían ido a parar a otra parte de la isla. Rousseau captura a un hombre que dice llamarse Henry Gale y no ser uno de Los Otros, pero los supervivientes no confían en él, y le encierran y le interrogan con dureza (más tarde se descubrirá que Henry miente). Locke encuentra otra estación cuyo contenido sugiere que quizás todo el asunto de introducir los números cada 108 minutos sea solo un experimento psicológico y no sirva para nada. Mientras tanto, Michael llega a un trato con Los Otros: Debe liberar a Henry y tender una trampa a sus propios compañeros, y Los Otros dejarán marchar a su hijo. Lo hace, y como resultado Jack, Kate y Sawyer son capturados, y a Michael y a Walt se les proporciona un barco para que puedan abandonar la isla. Mientras, Locke y Desmond se proponen no introducir los números esta vez, pero en el último momento Desmond entiende que algo va mal y baja a un punto que hay bajo la estación para activar un mecanismo. La isla entera se ve envuelta en una luz cegadora y un sonido atronador.

EPISODIOS:

2x01 Man of Science, man of Faith (Hombre de Ciencia, Hombre de fe)
2x02 Adrift (A la Deriva)
2x03 Orientación (Orientation)
2x04 Everybody Hates Hugo (Todos Odian a Hugo)
2x05 ...Y Encontrados (...And Found)
2x06 Abandoned (Abandonados)
2x07 The Other 48 Days (Los Otros 48 Días)
2x08 Collision (Colisión)
2x09 What Kate did (Lo que Hizo Kate)
2x10 The 23rd Psalm (El Salmo 23)
2x11 The Hunting Party (La Fiesta de la Cacería)
2x12 Fire + Water (Fuego + Agua)
2x13 La Gran Estafa (The Long con)
2x14 One of Them (Uno de Ellos)
2x15 Maternity Leave (Abandono Materno)
2x16 The Whole Truth (Toda la Verdad)
2x17 Lockdown (Encerrados)
2x18 Dave (Dave)
2x19 S.O.S (S.O.S)
2x20 Two for the Road (Dos en el Camino)
2x21 ? (?)
2x22 Three Minutes (Three Minutes)
2x23 Live Together, die Alone - Part 1 (Vivir Juntos, Morir Solos - Parte 1)
2x24 Live Together, die Alone - Part 2 (Vivir Juntos, Morir Solos - Parte 2)